U Jugoslaviji je bilo 14 medicinskih fakulteta koji su formirali dio Nacionalnog studentskog udruženja pod nazivom YuMSEIC (eng. Yugoslavian Medical Students’ Exchange International Committee). Nakon raspada Jugoslavije, BoHeMSA je osnovana 1993. godine kao jedinstvena organizacija za studente medicine u Bosni i Hercegovine.

BoHeMSA je počela svoj rad u Sarajevu, na Medicinskom fakultetu Univerziteta u Sarajevu. Osnovali su je studenti medicine koji su ranije učestvovali u YuMSEIC-u i koji su željeli nastaviti veliku tradiciju koju naš fakultet njeguje. Uz NMO BoHeMSA, LC Sarajevo je osnovan iste godine kao jedini lokalni komitet u to vrijeme. Zbog rata u našoj zemlji od 1992.-1995, to je bio skroman početak za naše studente i način da se pokaže upornost, snaga i želja da rade i da steknu znanja, kao i da prate globalnu scenu u svijetu zdravstvene zaštite.

BoHeMSA je prvi put pokazala aktivnost kroz različite projekte u oblasti SCOPH-a (Javno zdravstvo) i SCOME-a (Medicinska edukacija). Postala je punopravni član Međunarodne federacije udruženja studenata medicine (IFMSA) 1995. godine.

Nakon rata u Bosni i Hercegovini, broj članova i aktivnosti u kojima BoHeMSA učestvuju počeo je da se povećava. Ubrzo nakon toga, naši članovi počinju odlaziti na IFMSA generalne skupštine. Od tada, BoHeMSA polako počinje da radi na uređenju programa razmjene sa našom zemljom. Na kraju, SCOPE je osnovan 1998. godine. Od tada do danas, naš program razmjena se razvio u ozbiljan sistem koji je domaćin više od 40 studenata godišnje iz preko 10 različitih zemalja diljem svijeta.

U 2006. je počeo proces uključivanja Medicinskog fakulteta u Mostaru, kao dio BoHeMSA-e. Uz pomoć dekana fakulteta u Mostaru i studentske unije, lokalni komitet Mostar je formiran. Od tada, LC Mostar radi kao punopravni član BoHeMSA-e, učestvujući u svim projektima i aktivnostima kako na lokalnom tako i na nacionalnom nivou.

Od samog osnivanja BoHeMSA-e, postojala je ideja pridruživanja Medicinskog fakulteta u Tuzli kao člana organizacije. Nekoliko puta je bio pokušaj da se aktivira lokalni komitet, nakon čega je ugašen. Nakon nekoliko neuspješnih pokušaja, novi tim konačno formirana LC Tuzla u 2010. godini. Danas, mi smo ponosni reći da LC Tuzla zauzima važnu ulogu u razvoju i predstavljanju BoHeMSA-e u cjelini.